《进击的巨人第二季》将紧接进击的巨人后面的剧情发展。第二季讲述的剧情是人类曾一度因被巨人捕食而崩溃。幸存下来的人们建造了三面巨大的防护墙来阻止了巨人的入侵，在这隔绝的环境里享受了一百年的和平。不过作为“和平”的代价，人类失去了到墙壁的外面去这一“自由”，如同被圈养的畜牲一般安稳的生活着。主人公艾伦·耶格尔对还没见过的外面的世界抱有兴趣，同时也对人类失去的“自由”抱有向往，不同于惧怕巨人且盲目相信墙壁能保护自身安全而甘愿生存在墙内的大多数人类，他想到墙外的世界去探险的想法被视为异端。人们安逸了100年之际，也就是艾伦·耶格尔十岁那年、突然出现一个前所未见、身高60米的“超大型巨人”，以压倒性的力量破坏巨墙，其后瞬间消失，巨人们成群的冲进墙内捕食人类。艾伦·耶格尔看到了人们、伙伴、母亲先后被巨人杀死，怀着对巨人无以形容的恨意，誓言杀死全部巨人，母亲死亡、父亲失踪，其父可能掌握了巨人之谜，艾伦·耶格尔因父亲而获得了的“巨人之力”，在军队同期训练生里有着其他人无法比拟的强悍精神力，即使见过地狱也依然向巨人挑战，进而加入向往以久的调查军团，艾伦的生活就在这一刻开始发生了翻天覆地的变化……