在世界尽头咏唱恋曲的少女YU-NO

主角是与爸爸有马广大以及后母亚由美住在一同的高中三年级学生，经常不在家的考古学家爸爸两个月前，刚刚离奇的过世，而亚由美也成为了新婚三个月就便成为寡妇的情况。在主角周围有自小一同长大的校园偶像澪（みお）、看来轻浮的校医绘里子、担任非常勤讲师的美月、以及校长也是老爸研究伙伴的龙造寺。某日主人拿到了死去爸爸寄来的信，信内是语焉不详的“平行世界”理论和奇怪的用具。深夜来到信上所说海滨地点的主角，看到了一名倒地的裸女。女性看到主角后，支撑着吻了主角而后怀着笑容而死。呆立的主角背后传来声音，那是爸爸的研究伙伴声音--龙造寺说：这世界有无限的存在可能性，若是要在一切世界中移动有必要借由你手上那东西才行。拒绝对方武力威胁的主角脚下，在要被杀死的瞬间发生了地震，同时一个月前才转校的同班同学--神奈也卷入了这一切...，主角在冲击之下昏了过去...。这只是故事的序章而已，而主角全然不知这个世界，或许说是他所在的世界已经有了无穷的改变。